Patienten. For at komme i betragtning til en fæcestransplation, skal patienten have haft gentagne infektioner med den livsfarlige resistente diarrébakterie clostridium defficile.
Ukendt donor. Når en patient indstilles til FMT går jagten på en donor ind. Donoren findes blandt raske, der frivilligt og uden betaling donorer deres afføring. Ligesom bloddonorer. Første frasortering sker via spørgeskema. Donor må ikke lide af kroniske sygdomme. Der testes også for sygdomme som HIV, AIDS og hepatitis.
Kendt donor. Patienten har alternativt mulighed for at vælge en kendt donor. Typisk en nær slægtning. En ægtefælle, mor eller søskende. En beslægtet donor screenes på samme måde som en ukendt.
