I 1999 fratrådte Per Thomsen efter 21 år på posten stillingen som den første rektor på Støvring Gymnasium, som han havde forestået opbygningen og igangsættelsen af. Da han savnede undervisningen og samværet med eleverne, blev han efterfølgende ansat som lektor på Frederikshavn Gymnasium, hvor han har undervist i dansk, religion, oldtidskundskab og latindelen i almen sprogforståelse.

Hele karrieren har været centreret om undervisning og formidling i bredere forstand. Han har således virket i dansk skolevæsen i sammenlagt 53 år, hvoraf de 41 er i gymnasieskolen. Han er p.t. den ældste gymnasielærer i Danmark, men planlægger nu en overgang til en pensionisttilværelse på fuldtid. Undervisningen har omfattet folkeskolen, seminariet, fremmedsprogsundervisning hos oplysningsforbundene, dansk for udlændinge på Folkeuniversitetet i Århus, dansklærer på Biofysisk Institut ved Aarhus Universitet.

Desuden har han som guvernør i Rotary med støtte fra Demokratifondet været medarrangør af længerevarende kurser i demokrati og markedsøkonomi med erhvervspraktik i danske virksomheder for unge ledere fra Litauen. For flådens personel har han undervist i problemstillinger ved kulturmødet i forbindelse med udstationering i islamiske lande.

Sideløbende med skolevirket har han haft et virke som foredragsholder med emner som: Etik, islam, jødedom, H.C. Andersen, Grundtvig, Søren Kierkegaard, Jacob Knudsen, Luther, Sokrates og Jesus.