Chefen for de danske styrker i Afghanistan, Frank Lissner, advarede i februar 2002 forsvarets ledelse om, at de fanger, som danskerne overleverede til amerikanerne, kunne blive fløjet til den berygtede og stærkt kritiserede Guantánamolejr på Cuba. Alligevel afleverede danske soldater få uger efter styrkechefens advarsel 31 fanger til USA. Forhenværende statsminister Anders Fogh Rasmussen har tidligere udtalt, at der er »nul« at komme efter i sagen. Men nu viser det sig, at regeringen aktivt har forsøgt at skjule ikke bare advarslen, men også andre centrale oplysninger i sagen. En af de 31 afghanere har lagt sag an mod Forsvarsministeriet, fordi han hævder, at han er blevet mishandlet efter at være blevet overdraget til USA.
I forbindelse med retssagen har regeringen fremlagt hidtil hemmeligholdte rapporter, men den kontroversielle advarsel fra Lissner er ifølge Forsvarskommandoen blevet streget ud med sort, så dommerne ikke kan læse den. Kontroversiel advarsel Tidligere udenrigsminister Mogens Lykketoft (S) er oprørt: »Det bliver skjult for at beskytte regeringen og den nu afgående præsident Bush. Det er ganske absurd, for der er ingen saglige grunde bag. Kun politiske«. Politiken kan afsløre indholdet af den nu overstregede advarsel. Her skriver Frank Lissner, at han kun kan sikre, at fanger ikke lider overlast, så længe han selv har kontrol over dem. Hvad der efterfølgende sker med fangerne, især hvis de bliver overført til Cuba, »har jeg af naturlige årsager ingen indsigt i. Jeg vil således kun kunne leve op til mit ansvar på den danske stats vegne og i henhold til Genèvekonventionen, så længe fangerne opholder sig i lejren hernede«. Lissners advarsel er kontroversiel, fordi Guantánamo allerede fra begyndelsen blev stærkt kritiseret af menneskerettighedsorganisationer, siger lektor i jura ved Københavns Universitet Jens Elo Rytter: »De blev spærret inde uden mulighed for at få deres sag prøvet af en uafhængig instans og uden at vide, hvor længe de skulle sidde der. Dermed brød USA de konventioner, som andre lande, herunder Danmark, mente var gældende«. Søren Gade har svaret usandt Guantánamoadvarslen er ikke det eneste, regeringen har skjult. Andre dokumenter viser, at Frank Lissner i detaljer beskrev et slag, hvor 15 afghanere blev dræbt og 27 taget til fange, selv om de var på koalitionens side. Bagefter fortalte vidner, at fangerne var blevet mishandlet. Men forsvarsminister Søren Gade (V) har over for Folketinget benægtet, at slaget overhovedet er beskrevet. »Det fremgår således heller ikke af de rapporter den danske styrke i Afghanistan hjemsendte omkring den 24. januar 2002, at der er gennemført militær operation i det pågældende område«, skrev Gade i et svar til Frank Aaen (EL) i 2005. Frank Aaen mener, at ministeren med sit svar har frataget Folketinget muligheden for at kontrollere regeringen. »Samlet set ligner det et cover-up fra regeringen. I ethvert andet normalt parlamentarisk system ville forsvarsministeren gå af nu«, siger Frank Aaen. Politiken ville gerne have spurgt Søren Gade, hvorfor regeringen har skjult oplysningerne for Folketinget og dommerne i Østre Landsret, men han ønsker ikke at svare, fordi der verserer en retssag.
