De tre henrettede, Fabianus Tibo, Marianus Riwu og Dominggus Silva, blev henrettet på trods af massive protester fra menneskerettighedsorganisationer over hele verden, kritik fra EU og fordømmelse af Paven.
Tusindvis af indonesere har i dag protesteret over henrettelserne, og i en af de henrettedes hjemby har protestene ført til ildspåsættelse på myndighedernes bygninger, og at fanger er blevet befriet. fra fængsler. Den retssag, der gik forud fra dommene er fra flere sider blevet kritiseret for ikke at opfylde internationale krav til retssikkerhed. De dømte var tiltalt for at for at have anført et voldeligt oprør i år 2000, hvor 200 mennesker blev dræbt i kampe mellem muslimer og kristne. Parlamentet og kommissionen fordømmer dødsstraf »EU fordømmer dødsstraf i alle lande og under alle omstændigheder«, sådan lyder meldingen fra Europaparlamentets to største grupper: de konservative og socialdemokraterne. Kommissionen kritisere ligeledes, at Indonesien ikke har bøjet sig for de mange internationale protester over deres genindførelse af dødsstraffen. Hans-Gert Pöttering, der er formand for de konservative i Europaparlamentet, kalder Indonesiens henrettelse af de tre kristne forbrydere for en skændsel for landet. »Dødsstraf er en umenneskelig straf, som vi kræver, at alle verdens lande afskaffer«, siger han. Også socialdemokratiske gruppe tager stærkt afstand fra eksekveringen af de tre dødsdomme: »Vi tager stærkt afstand fra dødsstraf over hele verden. Det er lige meget om det er i USA eller Indonesien der henretter forbrydere. Vi vil til enhver tid fordømme dødsstraf«, siger talsmand Tony Robinson til Politiken. Kommissionen kalder det i en pressemeddelelse for et tilbageskidt både for Indonesien og for verdenssamfundet i kampen for at afskaffe dødsstraffen.
