Pakistans præsident, general Musharraf, var den første statsleder, som tog kontakt til Hamid Karzai og ønskede ham tillykke med posten, efter at Karzai tidligere på ugen blev udpeget til leder af en midlertidig afghansk regering. Det fortalte Karzai til det britiske BBC og sagde: »Vi havde en meget behagelig samtale om fremtiden«. Den pakistanske udenrigsminister, Abdul Sattar, var også hurtigt ude med positive udtalelser, efter at en aftale om overgangsregeringen var på plads i Bonn. »Vi er begejstrede over nyheden«, sagde Sattar. Uofficielt har mange pakistanske embedsmænd imidlertid udtrykt stor utilfredshed med, at Nordalliancen får flertallet af ministerposterne i Kabul. Et stærkt gensidigt had har hidtil præget forholdet mellem Nordalliancen og Pakistan på grund af den tidligere pakistanske støtte til Taleban. Slægtsfællesskab Mens Nordalliancen har besat de vigtige udenrigs-, indenrigs- og forsvarsministerposter med tadsjikere, er regeringsleder Karzai pashtun ligesom en stor del af Pakistans befolkning. Det slægtsfællesskab var en del af baggrunden for Pakistans tidligere støtte til det pashtundominerede Taleban. Siden starten på det USA-ledede angreb på Taleban og Osama bin Laden har Pakistan desperat ledt efter moderate afghanske pashtuner, der kan sikre en venligtsindet regering i nabolandet, som ses som er vitalt for Pakistans sikkerhed. Pakistan har haft andre kandidater end Karzai i spil, da han ikke traditionelt er set som nær allieret med Islamabad. Men Karzai har allerede forsikret Pakistan om, at han kan varetage dets interesser imod eventuelt fortsat fjendskab fra Nordalliancens side. Karzai siger til Dubai netavisen Gulf News: »Vi vil ikke glemme, hvad Pakistan gjorde for os i vores ondskabens time. Det anerkender vi åbent og ser frem til bedre relationer«. Ifølge Karzai betyder det, at »fortidige konflikter kan løses«. Ifølge Gulf News har Pakistans efterretningstjeneste (ISI) gennem årene haft jævnlig kontakt med Karzai, der har boet flere af sine 46 år i Quetta i Pakistan end i sin hjemby Kandahar i Afghanistan. Flere kommentatorer fremhæver, at Karzai er et valg, som Pakistan kan være fuldt tilfreds med i skøn forening med USA. Ikke magt som agt Karzai-familien har ejet en restaurantkæde i USA, og Hamid Karzai er en engelsktalende proamerikaner. Han taler også flydende urdu og er propakistansk, og hans brødre, der har boet mange år USA, besøger ofte deres huse i pakistanske byer. Men frygten er stor i Pakistan for, at Karzai ikke magt, som han har agt til at forbedre forholdet til Pakistan, som vil komme til at lide hårdt under fortsat kaos i Afghanistan. Et af de umiddelbart forestående problemer er tilbagevenden for afghanske flygtninge, som værtslandet Pakistan ønsker skal ske hurtigt. FN's flygtningeorganisation UNHCR advarede torsdag om Pakistans planer om at tvangsflytte afghanske flygtninge fra byerne til flygtningelejre. Det ser UNHCR som et første skridt til at sende dem tilbage til Afghanistan, så snart Karzai regeringen er indsat 22. december. UNHCR vil modsætte sig tvangsrepatriering. Det er uvist, hvor mange afghanske flygtninge der nu er i Pakistan. Ifølge skøn er det helt op til 3 millioner, hvoraf omkring 200.000 er kommet efter starten på krigen i Afghanistan.