Nationalmuseet har ansat centerleder, mag.art. Søren H. Andersen som ny forskningschef. Han er i dag leder af museets Marinarkæologiske Forskningscenter og har tidligere været ansat som lektor ved Institut for Forhistorisk Arkæologi på Aarhus Universitet. Andersen har især beskæftiget sig med udforskningen af stenalderen i Danmark og har herigennem etableret et bredt fagligt netværk til nationale og internationale forskningsinstitutioner samt opbygget et solidt kendskab til den danske museumsverden. Nationalmuseet er med over 100 aktive forskere én af de største kulturhistoriske forskningsinstitutioner i Danmark. Budgettet for museets forskning var i 2000 på ca. 43 mio. kr., hvoraf 28 mio. kr. var finansieret af eksterne tilskud.