Han var indtil 2006 chef for Coop Danmarks eneste produktionsvirksomhed, Dansk Kaffekompagni, hvor han blandt andet var ansvarlig for en af Danmarks mest kendte mærkevarer Cirkelkaffe. Som købmandssøn var han opflasket med dagligvarer og havde fra 1968 haft ledende job i dagligvarehandelen. I perioden 1968-71 var han indkøbschef for grossistselskabet Lund & Rasmussen og var derpå frem til 1978 med til at etablere det schweiziske selskab Metro i Danmark. Efter nogle år som direktør for Faxe Storkøbenhavn A/S og Schulstad A/S vendte han tilbage til købmandssektoren, først som direktør for Favør Ferskvare A/S og Favør Fødevareudvikling A/S og siden som direktør for A til Z Familiemarked. I 1983 kom Peter Skafte til FDB som sektionsdirektør for kolonial og husholdningsartikler, og frem til 1997 var han indkøbsdirektør for dagligvarer i FDB med stor indflydelse på, hvad der blev puttet i danskernes indkøbskurve.