Erik Thomsen uddannede sig til farmaceut, og efter et par år på et apotek i København blev han knyttet til medicinalgrossistfirmaet Mecobenzon A/S som salgschef og senere marketingchef. Inden Erik Thomsen kom til Nordjylland for at tiltræde jobbet som apoteker i Nørresundby fra 1977, var han i tre år direktør i Danmarks Apotekerforenings DAK-laboratorium. I apotekerårene var Erik Thomsen bl.a. i ti år formand for Apotekerkredsen i Nordjylland, bestyrelsesmedlem i Danmarks Apotekerforening samt medlem af bestyrelserne for Sundhedshøjskolen Diget, apoteksgrossisterne Bang & Tegner og Forex A/S, ligesom han var medlem af Hjerteforeningens komité.