Han trak sig i 1993 tilbage som administrerende overlæge og professor i kirurgi ved Odense Universitetshospital. Han var ikke blot kendt som en fremragende mave-tarmkirurg, men tillige for sin indsats for at bevare og højne den medicinske etik. Daniel Andersen bestred en mængde faglige tillidshverv. Han har bl.a. været medlem af Den centrale videnskabsetiske Komité og medstifter af Udvalget vedrørende Videnskabelig Uredelighed. Ikke blot var han medredaktør og medforfatter af Medicinsk Etik, men han har også i en periode været formand for Statens Sundhedsvidenskabelige Forskningsråd. Her kunne han gøre brug af sine mange kompetencer som både forsker, behandler og etiker. Daniel Andersen skrev en række videnskabelige værker på sit felt, ligesom han i flere ombæringer underviste ude i verden. Hans store indsats er bl.a. belønnet med August Krogh-Prisen, Lægeforeningens fornemste pris, Barfred-Pedersens Æresgave, samt Køster-Prisen. Desuden gjorde både Dansk Kirurgisk Selskab og Dansk Gastroenterologisk Selskab Daniel Andersen til æresmedlem.