Finn Mathiassen var et af de mest betydelige navne i dansk musikforskning i sidste halvdel af det 20. århundrede. Den drev han fra professorstolen i musikvidenskab på Aarhus Universitet fra 1966 og de følgende 30 år. Men allerede i 1955 fik den organistuddannede forsker Aarhus Universitets guldmedalje, og året efter blev han mag.art. i musik samme sted. 10 år senere erhvervede han dr.phil.-titlen med afhandlingen ’The Style of the Early Motet’ – med fokus på middelalderens kirkemusik. Straks efter sad han i professorembedet, efter at han havde undervist ved Det Jydske Musikkonservatorium og på Aarhus Seminarium. Musikvidenskabeligt Institut var i Finn Mathiassens professortid et af de mest centrale i datidens aarhusianske studenteroprør. Professoren var særdeles aktiv i at kombinere de nye strømninger med den kendte musikvidenskabelige musiktradition. Hans emnefelt spredte sig vidt gennem dansk musikhistorie. Ikke mindst Carl Nielsen og Niels W. Gade havde hans interesse, og det udmøntede sig bl.a. i det væsentlige Carl Nielsen-værk ’Livet, musikken og samfundet’, som bidrog med nye filosofiske indfaldsvinkler til Nielsen livsværk. Finn Mathiassen komponerede desuden selv en række sange og værker for kor – bl.a. til tekster af Thøger Larsen og Otto Gelsted samt en række salmer. Professor Finn Mathiassen havde bl.a. sæde i Statens humanistiske Forskningsråd, Dacapo, repræsentantskaberne for Statens Musikråd og Statens Kunstfond samt bestyrelserne for Aarhus Kunstmuseum, Udgiverkredsen for Folke- og Skolemusik og Institut for Grænseregionsforskning.