Hans Henrik Andersen var lic.tech. fra Danmarks Tekniske Højskole og blev udnævnt til professor ved Københavns Universitet på det daværende Fysisk Laboratorium II i 1982. Han kom fra Det Fysiske Institut ved Aarhus Universitet, hvor han havde beskæftiget sig med ioners vekselvirkning med faste stoffer, især fænomenet sputtering, som i dag bruges i mange tekniske sammenhænge. I Aarhus var han meget aktiv i undervisningen i dette emne, og mange studerende fra denne tid husker ham som en engageret underviser. Efter sin ankomst til København indledte han et samarbejde med en gruppe forskere på Fysisk Laboratorium II på H.C. Ørsted Institutet, som arbejdede med acceleratorfysik, ionstråleanalyse og ionimplanteringsfysik. Hans Henriks hovedinteresserer var centreret omkring sputtering; men senere blev han også meget involveret i ionimplantering til fremstilling af nye legeringer og til ændringer af materialers overfladeegenskaber - et arbejde, han var involveret i lige til sin pensionering. Få år efter Hans Henrik Andersen kom til København, var han med til at grundlægge det internationale tidsskrift Nuclear Instruments in Physics Research B, hvor han blev hovedredaktør. Dette hverv varetog han lige til det sidste, og meget hurtigt blev tidsskriftet internationalt kendt og i høj grad synonymt med Københavns Universitet og Niels Bohr Institutet. Han påtog sig også mange andre hverv og var bl.a. dekan for Det Naturvidenskabelige Fakultet ved Aarhus Universitet 1978-81 og medlem af Cern council 1985-2000.