Hun tog eksamen på et af de første psykologhold i 1951 og uddannede sig siden i klinisk børnepsykologi i Boston, hvor også grunden til hendes doktordisputats om hjerneskadede børn, der blev oversat til både engelsk, tysk og japansk efter udgivelsen i 1966, blev lagt. I 1959 modtog hun den amerikanske psykologforenings pris Young Psycologist Reward. Helle Høpfner Nielsen blev i 1953 ansat som klinisk psykolog ved Rigshospitalets børneafdeling. Her kom hun i kontakt med professor Preben Plum, der inspirerede hende til den senere disputats. Helle Høfpner Nielsen var i sit disputatsarbejde tidligt ude i beskrivelsen af de tilstande hos hjerneskadede børn, der senere er blevet forsket meget i. I 1969 flyttede hun til Aarhus med sin daværende mand, den senere DR-provinschef, professor, dr.phil. Gerhard Nielsen, der opbyggede psykologistudiet her. Helle Høpfner Nielsen blev i 2007 i den liberal-katolske kirke i Sverige viet til den svenske sexolog Maj-Briht Bergström Walan, der i 2011 udgav bogen ’37 år av kärlek’. De to udgav bøger på flere sprog om seksualitet – i Danmark bl.a. ’Kvinderapport’ (1982). Helle Høpfner Nielsen har beklædt en række faglige tillidshverv, i bl.a. Dansk Psykologforenings etikudvalg og i Socialforskningsrådet, og hun var i 1979 medgrundlægger af International Academy for Research in Learning Disabilities. Endelig var hun 1965-99 en søgt censor i psykologi ved Københavns Universitet.