De første 5 år efter pensioneringen vikarierede han som overlæge 2-3 måneder om året dels i Lapland ved øreafdelingen i Gällivare, dels ved øreafdelingen i Visby på Gotland. Det lægelige arbejde var anderledes end specialarbejdet på et stort universitetshospital . Det var en udfordring at fungere bredt inden for hans speciale, øre-næse-halssygdomme. Han måtte lære det svenske sprog i rimeligt omfang for at kunne kommunikere tilfredsstillende med patienterne. I same periode blev han engageret i censorvirksomhed i øre-næse-halssygdomme ved landets universiteter. I begyndelsen var det i hovedsagen kliniske eksaminer, de sidste 5 år i stigende grad censurering af kandidatopgaver, også kaldet fordybelsesopgaver og Osval-opgaver. Dette arbejde mindede en del om hans tidligere arbejde som tidsskrift-reviewer. Han ophørte som censor i 2011. Det sidste år har han brugt megen tid på vedligehold af hus og sommerhus og pasning af en stor have og skovgrund ved sommerhuset. Ud over almindelige pensionistaktiviteter som litteraturlæsning og udlandsrejser er opformering af drageblodstræer/dragetræer en mere speciel interesse. Karsten Jørgensen dyrker motionsløb og runder p.t. en total distance på ca. 36.000 km, dvs. jordkloden rundt. Skiløb har en stor stjerne hos ham, både langrend og alpint, der dyrkes sammen med den nærmeste familie.