Knud Villy Lyngtorp har haft størstedelen af sin militære tjeneste i hjemmeværnet, siden han i 1960 blev indkaldt til tjeneste ved gardehusarregimentet. I årene 1962-63 forrettede han geledtjeneste i samme regiment og var lærer i kampvognstjeneste og opklaringstjeneste ved Panserskolen i Oksbøl, og 1965-69 gjorde han tjeneste ved Østre Landsdelskommandos stab. I 1970 indledte Knud Villy Lyngtorp sin hjemmeværnskarriere i Aalborg, og 1971-80 underviste han på Hjemmeværnsskolen i Nymindegab. Senere fulgt flere chefstillinger, og fra 1994 var han chef for Hjemmeværnsregion III, Syd- og Sønderjylland, og kommandant for Søgaardslejren indtil nedlæggelsen af hjemmeværnsregionerne i 2001. I Knud Villy Lyngtorps sidste tjenesteperiode fra 2001 til pensioneringen i 2002 var han som oberst til rådighed for hjemmeværnsledelsen som inspektør for hjemmeværnets 3.000 mand store styrke, der omfatter infanteri- og spejderenheder. Knud Villy Lyngtorp har i årenes løb arbejdet på at styre hjemmeværnets internationale profil og bl.a. medvirket ved en samarbejdsaftale mellem de to kommuner inden for den danske bataljons område i Kosova og syv sønderjyske kommuner. Efter pensioneringen - fra 2006-09 - har han været ansat på kontrakt som chef for Dansk Nijmegen Kontingent.