Paul Niepoort blev efter studentereksamen først bygningskonstruktør fra Århus Tekniske Skole samt murersvend med sølvmedalje i 1944. Han afsluttede sin uddannelse som arkitekt på Kunstakademiet i København med en guldmedalje i 1949. Efter studierne arbejdede han hos professor Edvard Thomsen i København, hos Viljo Revell i Helsinki og hos Pierre Jeanneret og Le Corbusier i Paris og Marseille, og senere hos Richard Kelly i New York. Efter opholdet i USA startede han egen tegnestue i 1952. Paul Niepoort viste allerede med guldmedaljeprojektet til et bladhus ved Rådhuspladsen sit anlæg for at få hold på en kompliceret byggeopgave, en evne, han fik afprøvet i praksis, da han i 50'erne sammen med Preben Hansen projekterede Atomforsøgsanlægget i Risø. Den karakteristiske profil på Risø laboratoriebygninger stammer fra Niepoorts rejseindtryk fra store gårde i Sydspanien, og selve hovedplanen til projektet har senere haft indflydelse på flere af hans præmierede universitetsprojekter. Han har bl.a. stået for Carlsbergs Isotoplaboratorium, Nyköpings Stadshus med Jean-Jacques Baruël, Sveriges Riksbanks bygninger i Malmø, Göteborg, Jönköping og Växjö og rådhuset i Eslöv. Kendetegnet for Niepoorts arkitektarbejde er kontinuiteten, der ligger som baggrund for hans ideer, indtryk og tanker. I samtlige byggede projekter har han også tegnet de indvendige detaljer i bygningerne som for eksempel stole og armaturer.