Niels Koustrup blev ansat som kommunaldirektør i den daværende Gram Kommune i 1997. Ved kommunesammenlægningen med Haderslev og Vojens Kommuner blev Niels Koustrup direktør for borgerservice og sundhedsservice i den nye Haderslev Kommune. Stillingen blev nedlagt ved udgangen af 2009, og siden har han været interviewer hos Socialforskningsinstituttet. Niels Koustrup deltager nu i frivilligt arbejde og er træner og bestyrelsesmedlem i Gram Badmintonklub, i bestyrelsen for vennekredsen omkring Midtsønderjyllands Museum, bestyrelsesmedlem i Gram Fritidscenter og indsamlingskoordinator for Red Barnet.