Husmandssønnen fra Tylstrup blev agronom i 1962 fra Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, hvor han i 1980 også forsvarede sin disputats om vand- og solenergiudnyttelse i planteproduktion under varierende vand- og næringsstofforsyning. Undervejs studerede han ved University of California, USA. Henry E. Jensen blev for 50 år siden ansat ved Landbohøjskolen som amanuensis.
Siden blev det til et lektorat, og fra 1985 til 2003 var han professor i agrohydrologi og bioklimatologi ved højskolen. Hans forskning har bl.a. omfattet fysiske og fysisk-kemiske egenskaber og processer i jordbunden. Han var under det såkaldte NPO-forskningsprogram 1985-1990 leder af en forskergruppe ved Landbohøjskolen, der udviklede en omfattende matematisk simuleringsmodel (DAISY) for simulering og beregning af bl.a. planteproduktion, vandbalance og kvælstofudvaskning under forskellige dyrkningsbetingelser.
