Niels Ebbe Hansen blev student fra Østersøgades Gymnasium i 1956 og var derefter i et år på college i USA på et Fulbright-legat. Han læste her amerikansk historie og litteratur. Han blev læge fra Københavns universitet i 1965 og senere speciallæge i intern medicin og hæmatologi. Han blev dr.med. i 1995 fra Københavns Universitet i 1975 på en afhandling om hvide blodlegemer og fortsatte sit videnskabelige arbejde, hovedsageligt med artikler om blodsygdomme, i internationale tidsskrifter. Han blev i 1982 overlæge ved medicinsk hæmatologisk afdeling, Gentofte Hospital, og senere ledende overlæge ved afdelingen efter dens udflytning til Herlev Hospital i 1992- 005. Han har været formand for Dansk Selskab for Intern Medicin, Dansk Hæmatologisk Selskab og præsident for Det Medicinske Selskab i København. Han har i en 15-års periode været Sundhedsstyrelsens sagkyndige rådgiver i intern medicin. Han var gennem 15 år medredaktør af Medicinsk Kompendium, den store danske lærebog i intern medicin, som indtil nu er kommet i 18 udgaver siden starten i 1936. De sidste syv år har han været overlæge i Kræftens Bekæmpelse. Han er lægefaglig redaktør af www.cancer.dk, som bl.a. bringer opdaterede oplysninger om over 50 kræftsygdomme skrevet for patienter og pårørende. Han står desuden bag www.cancerforsøg.dk, som bringer en samlet beskrivelse af ca. 200 kliniske forsøg.