Han tog organisteksamen fra Det Kongelige Danske Musikkonservatorium i 1967 som elev af Leif Thybo og senere i1969 diplomeksamen og musikpædagogisk eksamen i musikteori og musikhistorie samme sted, som elev af Finn Høffding og Bjørn Hjelmborg. Sin første musikundervisning modtog Helge Flemming Pedersen i Tivoligarden, hvor han lærte at spille klarinet. Efterfølgende videreuddannede han sig hos daværende soloklarinettist i DR Symfoniorkestret Poul Allin Erichsen. Oprindelig var klarinetten således det foretrukne instrument, men også det rytmiske klaverspil havde hans interesse. Mødet med kirkemusikken og orgelmusikken blev imidlertid afgørende for det senere karrierevalg. Han er uddannet i forsikring. Denne uddannelse blev senere suppleret med kurser i merkantilt sprog og den statsprøvede eksamen i bogføring fra Handelshøjskolen. Han var derefter ansat nogle år hos IBM.
I årene 1966-73 var Helge Flemming Pedersen lærer ved Det Kongelige Danske Musikkonservatorium og fra 1970 tillige lærer ved Det Jyske Musikkonservatorium og docent samme sted fra 1981-92. Han stiftede i 1984 Kirkemusikskolen i Kgs. Lyngby, som han ledede indtil 1992.
