Jan Magnussen blev som cand.scient. i kulturgeografi ansat på Københavns Universitet, hvor han i perioden 1970-85 som lektor i bygeografi og fysisk planlægning uddannede geografer til ansættelse ved planlægnings- og miljøopgaver. I 1985 flyttede han til Ribe for at være med til at starte Institut for Samfunds- og Erhvervsudvikling i Esbjerg. To år efter blev han rektor for Sydjysk Universitetscenter, hvor han bl.a. stod for universitetscenterets udvikling og udbygning frem til universitetsfusionen med Handelshøjskole Syd og Odense Universitet, som i 1998 førte til oprettelsen af Syddansk Universitet. I 1998 flyttede han og familien tilbage til Sjælland og Fredensborg, hvor han blev direktør for uddannelse, erhverv og kultur i Frederiksborg Amt. Ved amtets nedlæggelse i 2007 blev han pensionist. Han deltager gerne i den offentlige debat og har bl.a. været formand for Statens Samfundsvidenskabelige Forskningsråd (1981-83) og formand for Teknologinævnet 1991-95.