C.J. Stoklund tog lærereksamen 1954 fra KFUM’s Seminarium og blev straks ansat ved Gentofte Skolevæsen, Munkegårdsskolen, frem til 1966. Senere var han skoleinspektør ved Usserød Skole, Hørsholm, fra 1966 til 1995. Han har været meget engageret i KFUM-Spejderne med opgaver på ledelsesplan, bl.a. formand for korpslejrudvalget 1965, leder af tropførertræningen og næstformand i hovedbestyrelsen. Carl Johan Stoklund har deltaget i bestyrelsesarbejde i flere frie folkekirkelige organisationer gennem mange år. Han var formand for Danske Kirkedage 1971 og 1974, formand for Dansk Bibelskole, formand for Sognemedhjælperudvalget og formand for Kirkefondet 1986-2000. Han er formand for højskolen Brogården og formand for kirkekomiteen, der førte til bygning af Kokkedal Kirke.