Helle Stege er lektor i svinesygdomme på Institut for Produktionsdyr og Heste på Københavns Universitet siden 2005. Hun har efter sin ph.d. mest arbejdet i det krydsfelt mellem veterinær medicin og statistik, som epidemiologien udgør, f.eks. som konsulent for LVK (2002-05), som datamanager/clinical trial advisor hos DakoCytomation (2003-05), på Zoonosecentret under daværende DVI (2000-02) og på det daværende SVS, Afdeling for Patologi og Epidemiologi (1994-2001). Hun har publiceret over 20 artikler i internationale tidsskrifter, har siddet i redaktionsgruppen på publikationen Preventive Veterinary Medicine, har været månedens forsker i Forskerforum (2006).
Hun sidder p.t. i bestyrelsen for Svineafgiftsfonden, og hun er netop blevet udpeget af universitetet til at være leder af en såkaldt forskerskole, der vejleder ph.d.-studerende (2013). Hun arbejder for tiden også på at udvikle et større e-learnings-projekt til dyrlægestuderende, idet hun siden sin pure ungdom har beskæftiget sig med computerspil, både professionelt som beta-tester (1986-96) og som hobby.
