Margrethe Herning blev læge fra Københavns Universitet 1971. Under en bred lægelig uddannelse fik hun interesse for radiologi, og i 1981 blev hun speciallæge i diagnostisk radiologi. Hun videreuddannede sig på københavnske hospitaler og var herunder aktiv i indførelse af de nye interventionelle metoder. Hun var desuden klinisk lektor ved Københavns Universitet i en årrække. Da Simon Spies i midten af 1980’erne ved en generøs donation forærede landets første MR-skanner til Hvidovre Hospital, blev hun tilknyttet den nyetablerede MR-afd. og blev som overlæge ansvarlig for patientundersøgelserne med denne nye, avancerede teknik i de følgende mange år. Dette pionerarbejde medførte en betydelig undervisnings- og foredragsaktivitet. Hun har også leveret bidrag til lærebøger og haft vejledning af ph.d.-studerende. I flere perioder var hun formand for Dansk Selskab for Medicinske Magnetisk Resonans. Hovedinteressen lå indenfor neuroradiologi og her specielt udredning af årsager til epilepsi samt hjernens karlidelser og børnehjerners udvikling, og hun har deltaget i talrige internationale kurser og kongresser om disse emner. Margrethe Herning stoppede på Hvidovre Hospital efter 22 år i 2006 og som erhvervsaktiv i 2010. Tiden bruges nu på kulturhistoriske interesser.