Niels Johannesen blev i 1971 som nyuddannet ansat i Sydthy Kommune, hvor han efterfølgende fik en kommunal administrativ uddannelse. I 1981 forlod han sin fødeegn til fordel for et job som kontorchef i Fredericia Kommune. Her var han i 11 år, til han blev kommunaldirektør i Skærbæk Kommune. Dette hverv bestred han i syv år, indtil han i 1999 søgte videre til stillingen som kommunaldirektør i Tønder Kommune. Som kommunaldirektør i Skærbæk og Tønder Kommuner arbejdede Niels Johannesen for at styrke det sønderjyske samarbejde, hvilket var et fortrin, da han i 2003 tiltrådte som amtsdirektør i Sønderjyllands Amt. Da det få år senere stod klart, at amterne skulle nedlægges, søgte han tilbage til det kommunale og blev i 2006 ansat til at stå i spidsen for sammenlægningen til ny Aabenraa Kommune, hvor han har været kommunaldirektør siden 2007. Han har aldrig søgt ansættelse i det private erhvervsliv, på trods af at han har en enægget tvilling, der netop er topdirektør i det private. Han hedder Kjeld Johannesen, er administrerende direktør for slagterigiganten Danish Crown og blev omtalt i Politiken i går. Niels Johannesen mener, det er i det offentlige, han kan være med til at gøre en forskel. Niels Johannesen er ridder af Dannebrog, og han er udpeget af justitsministeren som medlem af Datarådet.