Hans forskningsmæssige indsats har primært har været inden for dansk og international børs- og kapitalmarkedsret suppleret med arbejde inden for mere traditionelle formueretlige emner som panteret- og købsret. Interessen for det børs- og kapitalmarkedsretlige blev vagt under et 1-årigt forskningsophold ved Duke Universitet, North Carolina, USA, i 1984-85, hvor han erhvervede en mastergrad. Siden da har han haft et fast forskningsmæssigt samarbejde med professor James D. Cox på Duke Universitet, hvorfor han jævnligt rejser derover. Han blev lic.jur. i 1987 ved Aarhus Universitet. Nis Jul Carlsen udgav i 1992 den første danske bog om et børsretligt emne. Da han i 1997 blev ansat som professor ved Syddansk Universitet, var det med henblik på at etablere og udvikle en ha(jur.)- og cand.merc.jur. uddannelse, som startede i september 1999. Siden har han medvirket til etablering af jurauddannelsen, som startede ved Syddansk Universitet i 2004. Han har været institutleder og dekan ved Syddansk Universitet. Ud over at undervise og forske har han fungeret som ekspert i forskellige lovforberedende arbejder i Danmark, Letland og EU. Desuden har han bestyrelsesposter, herunder som bestyrelsesformand i en række finansielle virksomheder og andre selskaber.