Mogens Frederiksen deltog i de kampe, der blev udkæmpet i Dansk Typograf-Forbund om teknologi og arbejdsløshed, bl.a. B.T.- konflikten i 1977 og typograflockouten i 1981. Hans journalistiske interesse resulterede i radioudsendelser og artikler om teknologi bl.a. via besøg på konfliktramte Times i London og mangeårigt venskab med grafiske kolleger i Milano. Efter 24 år som typograf og seks år som fællestillidsmand på Maylands kalenderforlag blev han i 1995 faglig sekretær i Restaurations- og Bryggeriarbejderforbundet, RBF. Det krævede gode forhandlingsevner at sikre overenskomster med restauratører, der konstant åbnede og lukkede. Den turbulente branche gav RBF samme antal sager i Arbejdsretten som det ti gange større SID. Togstewardesserne, som var et af Mogens Frederiksens forhandlingsområder, sluttede med en overenskomst, hvis høje lønniveau senest har været genstand for stor debat i pressen i 2013 længe efter at han i 2005 kom til LO som forhandlingsleder på de arbejdsretlige fællesmøder.
Internationalt blev Mogens Frederiksen LO-repræsentant i arbejdsgruppen for lønmodtagerrettigheder i den europæiske fagbevægelse, EFS, hvor han deltog i udtagelsen af fagbevægelsens krav til direktivet om europæiske samarbejdsudvalg. Siden 2011 har han beskæftiget sig med private overenskomster i FOA.
