Efter lægevidenskabelig embedseksamen fra Københavns Universitet og et års hospitalsarbejde i USA uddannede Freddy Karup Pedersen sig på Rigshospitalet og forskellige andre af Københavns børneafdelinger til speciallæge i pædiatri. Siden 1987 har han været overlæge på Rigshospitalets børneafdeling og i en 12-årig periode klinikchef samme sted.
Såvel arbejdsmæssigt som forskningsmæssigt har han i hele sin karriere især arbejdet med infektionssygdomme hos børn i Danmark og internationalt samt med børnerheumatologi, og han har grundlagt børnerheumatologien som ekspertområde på Rigshospitalet og i Danmark. Siden han blev læge, har international børnesundhed optaget ham, og han har arbejdet med sundhedsprojekter for børn i mange lande og var i mange år tilknyttet Dansk Røde Kors, senest som præsident i perioden 1997-2005. Han var i denne periode desuden formand for internationalt Røde Kors’ sundhedskommission og i 4 år medlem af internationalt Røde Kors’ øverste styrelse.
