Birgit Kirkebæks videnskabelige karriere begyndte i en sen alder. Efter nogle år som lærer og siden skoleleder blev det specialpædagogikken og børn med ’multiple handikap’, der fik hendes bevågenhed. Den praktisk-pædagogiske pionerperiode udspillede sig især i rollen som skoleinspektør på Skolen på Taxvej i Bagsværd 1976-88. En skole, som i dag ligger i Vallensbæk. Den forhenværende skoleinspektør har oplevet den store ære, at den i 2001 opførte skole fik hendes navn, så den i dag hedder Kirkebækskolen. Den praktiske specialpædagogik gjorde efterhånden Birgit Kirkebæk teoretisk nysgerrig, og hun trådte for alvor i karakter med ansættelsen som lektor på Danmarks Lærerhøjskole i 1988 og doktordisputatsen ’Da de åndssvage blev farlige’ i 1993.
Fra 1995 til 2000 arbejdede hun som professor på Universitetet i Oslo. Hun har skrevet en række bøger om åndssvageforsorgens historie, bl.a. om de to øanstalter Livø og Sprogø for hhv. kriminelle og vagabonderende mænd og »letfærdige og løsagtige« kvinder.
