Lotte Henriksen er født i København, men vokset op i Frederikssund. Hun blev engageret i Landsforeningen Ungdomsringen, hvor hun blev organisationens repræsentant i Dansk Ungdoms Fællesråd. Her arbejdede hun med ulandsspørgsmål og blev medlem af ulandsstyrelsen. Fra 1985 til 1987 var Lotte Henriksen næstformand i DUF og fra 1987 til 1989 formand. I 1990 blev Lotte Henriksen valgt til Folketinget for Socialdemokraterne i Fredensborgkredsen. I Folketinget fortsatte hun sit engagement i ulandsspørgsmål, var bl.a. medlem af Udenrigsudvalget og var som sit partis udenrigsordfører centralt placeret i 90'ernes debat og beslutninger om dansk ulandspolitik. I perioden 1992-94 var hun også næstformand i den socialdemokratiske folketingsgruppe. I 1997 blev hun cand.scient.adm. fra Roskilde Universitetscenter, stoppede i Folketinget og fik arbejde som sekretariatschef på AMU-center Djursland. I 2001 skiftede Lotte Henriksen arbejde og blev seniorkonsulent på Institut for Serviceudvikling, og fra 2003 blev det til en ansættelse i Aarhus Kommune, først som proces- og udviklingschef og efter dannelsen af Børne- og Ungemagistraten som områdechef og nu BU-chef i magistraten med ansvar for bl.a. det pædagogiske område. Hun er gift med tidligere folketingsmedlem, nu borgmester i Norddjurs Kommune Jan Petersen (S).