I 1960 blev Knud Aunstrup ansat som forskningskemiker i Novo Industri A/S for at udvikle mikrobielle enzymer, og i 2000 gik han på pension efter at have været forskningsdirektør for enzymdivisionen (Novozymes). I sine sidste år var han udstationeret i Kina, hvor han med titel af præsident var med til at opbygge Novo Nordisk China. Knud Aunstrup har fortalt om firmaets spændende udvikling gennem de 40 år i bogen 'Vejen til Novozymes', hvor han var med til at samle og inspirere et hold af dygtige og kreative mennesker, som gjorde det muligt, at firmaet voksede fra en ubetydelig spiller med et par millioner i omsætning til at være verdens største enzymproducent med milliardomsætning. Med sin utraditionelle rekrutteringspolitik og til tider kontroversielle ledelsesstil bidrog Knud Aunstrup i ikke uvæsentlig grad til at gøre hverdagen spændende og kreativ, og flere af Novo og Novozymes' nuværende ledere kan se tilbage til en festlig tid, hvor der blev skabt store resultater med små midler og et stort engagement. I sit otium var han i 2004-05 CEO for bioteknologifirmaet Nuevolution A/S, hvor han etablerede ny ledelse og dermed var med til at sikre firmaets overlevelse og fortsatte vækst. Knud Aunstrup er kirkeværge i Nødebo.