Efter studier i Spanien og Frankrig blev Otto Christian Schepelern kandidat i historie fra Københavns Universitet i 1971. Fra gymnasieskolen kom han ind i Udenrigsministeriet i forbindelse med EF-medlemskabet 1973 og nåede at fejre 40-års jubilæum i statens tjeneste. Karrieren her har været opdelt mellem almindelig diplomatisk udetjeneste ved ambassaderne i Madrid, Athen, Stockholm og FN-missionen i New York og arbejdet hjemme i Udenrigsministeriet som specialist i arkiver og historiske spørgsmål. På sine udeposter har han bistået landsmænd i konflikt med lokale myndigheder, og under arbejdet Grækenland 1984-88 gik han aktivt ind i projektet om oprettelse af Det Danske Institut i Athen, der blev til virkelighed 1992. I København efterfulgte han dr.phil. Klaus Kjølsen som overarkivar 1992-99. Det var en brydningstid efter Murens fald, og det betød en stadige afvejning mellem Danmarks internationale forpligtelser f.eks. i forhold til Nato og princippet om størst mulig åbenhed i adgangen til diplomatisk materiale.