Peter Erik Linnet indledte sin karriere som toldelev i Haderslev i 1961. Efter toldskolen blev han ansat i Aarhus og senere i Direktoratet for Toldvæsenet, indtil han i 1987 blev udnævnt til distriktstoldchef i Korsør. Herefter var Linnet regionschef i Hvidovre, personalechef i Told&Skat, regionschef i Køge og områdedirektør i Told&Skat Midt- og Sydsjælland i Næstved. Han har undervejs gennemgået en omfattende lederuddannelse i ind- og udland. Han var med til at igangsætte politi- og toldsamarbejdet på Lolland-Falster og har desuden deltaget i et omfattende internationalt toldsamarbejde.