FC Midtjyllands ledelse måtte præsentere et underskud for regnskabsåret 2004 på lige knap otte millioner kroner. »Et uacceptabelt højt niveau, lyder dommen fra formand Johnny Rune. Han skriver i sin indkaldelse til generalforsamling den 7. april, at det skuffende resultat blandt andet skyldes udgifter i forbindelse med udflytningen til SAS Arena samt uforudsete afskrivninger på blandt andet personale. Klubben har eksempelvis på 2004-regnskabet afskrevet al løn til den fodboldinvalide angriber Bo Hansen. Dertil kommer, at klubbens ledelse havde regnet med bedre fart i spillersalget i 2004. Først i det kommende regnskabsår kommer indtægterne fra Mohamed Zidans skifte til Werder Bremen samt Peter Skov-Jensens overgang til Bochum. FC Midtjyllands egenkapital rundede i 2004 efter en tilførsel de 23 millioner kroner, men det beløb er nu med underskuddet barberet ned til godt 15 millioner kroner.