Boel Jørgensen var indbegrebet af en moderne kvindelig chef, da hun som 46-årig satte sig i chefstolen på Det Kongelige Teater i 1989. Men som det er sket med så mange andre i netop den stilling, led hun også sin karrieres allerstørste nederlag her. Tre år senere blev hun fyret og fritstillet med den begrundelse, at bestyrelsen ikke havde tiltro til hendes evner som teaterchef. Forud var gået en turbulent tid, hvor den sociologuddannede, svenskfødte Boel Jørgensen forsøgte at modernisere teatret ved at åbne det mere over for offentligheden og rydde op i det morads af overenskomster, der næsten lammede nationalscenen. Imponerende karriere på RUC Boel Jørgensen havde ingen kunstneriske kvalifikationer. Til gengæld havde hun med stor dygtighed ledet Roskilde Universitetscenter RUC gennem en turbulent periode, hvor den daværende borgerlige regering ønskede at strømline det dengang relativt unge universitet, så uddannelserne blev mere erhvervsrettede. Men Boel Jørgensen, Danmarks første kvindelige universitetsrektor, sikrede, at RUC beholdt sin klare, moderne profil med tværvidenskabelighed og projektorientering. RUC, der op gennem 1970’erne og 1980’erne havde ry for at være stærkt venstreorienteret, blev for alvor anerkendt, da Dansk Arbejdsgiverforening i 1988 gav det topkarakter blandt danske universiteter. Den ligestillingsorienterede Boel Jørgensen indførte også, at alle kollegiale møder på RUC skulle slutte senest klokken 16, så det var muligt for småbørnsforældre at hente deres børn. Og det var først og fremmest hendes meritter i ti år som rektor på RUC, der fik daværende kulturminister Ole Vig Jensen (R) til at hente hende til den kriseramte nationalscene for at rydde op og gennemføre besparelser. I stedet blev det til en række slagsmål internt på teatret, der kulminerede med fyringen af den nytiltrådte operachef Michael Dittman for sexchikane. Stadig aktiv i universitetsverdenen Siden har der været mere stille om Boel Jørgensen. Hun blev i 1993 ansat som direktør for kultur- og børneområdet i Roskilde Kommune, hvor hun arbejdede frem til 2001, og siden som kulturkonsulent.
I dag er hun igen tilknyttet RUC som ekstern lektor og desuden censor ved Københavns Universitet. Boel Jørgensen har siddet i en række bestyrelser, blandt andet for Det Danske Center for Menneskerettigheder, Kaospiloterne og TV 2 Lorry.
