De tre tårne fandtes allerede i byens middelalderlige segl, der var i brug 1275-1371.
Det midterste tårn skulle sandsynligvis symbolisere Absalons borg, der lå på øen Slotsholmen, og de andre to tårnene i ringmuren omkring borgen. I seglet findes også de karakteristiske bølger, der symboliserer Øresund, mens halvmånen og stjernerne, der pryder tårnene, ikke har nogen symbolsk betydning. Københavns heraldiske byvåben kom til i 1661, hvor tårnene bl.a. blev suppleret med forskellige dekorationer som flag og våben som en anerkendelse for den indsats, byens borgere øvede under svenskernes belejring af København 1658-60. Krigeren i tårnet symboliserer frihed og selvstændighed. Igennem tiden har der været mange forskellige udgaver af byvåbnet i brug i forskellige afdelinger af Københavns Kommune, men i dag bruger man et forenklet byvåben tegnet i 1994.
