En mystisk epidemi bryder ud i USA. I løbet af kort tid har pandemien udryddet 90 % af alle amerikanske børn. Af en eller anden grund er det åbenbart kun amerikanske børn, der bliver ramt. Eller også interesserer ’The Darkest Minds’ sig kun for amerikaneres skæbne. Det sidste er nok det mest sandsynlige.
Filmen interesserer sig sådan set heller ikke pandemiens årsager eller for de mange døde børn. Kun som bagtæppe for en fortælling om et dystopisk USA, hvor de overlevende børn seks år senere er blevet teenagere med mystiske kræfter. Farlig ungdom som den skumle voksenverden med den amerikanske præsident i spidsen holder indespærret i kz-lejre, når de da ikke ligefrem likviderer dem eller udnytter deres superkræfter.
