Dengang Pernille Rosenkrantz-Theil var yngre, kastede hun levende dværghøns ned i folketingssalen fra tilhørerlogen for at protestere imod nedskæringer, der ville medføre burhønslignende tilstande på uddannelsesområdet. Hun demonstrerede, arrangerede protester og var politisk aktiv i alt fra Operation Dagsværk over Danske Gymnasieelevers Sammenslutning til Enhedslisten.

Pernille Rosenkrantz-Theil tilhørte den yderste venstrefløj i dansk politik og kom i 1999 – bare 22 år gammel – for første gang i Folketinget som vikar for partikollega Jette Gottlieb i Enhedslisten. I 2001 blev hun selv valgt ind og kom senere til at fungere som Enhedslistens politiske ordfører. Offentligheden blev endnu en gang mindet om Pernille Rosenkrantz-Theils rebelske side, da to unge mænd fra gruppen Global Aktion i 2003 hældte maling ud over daværende statsminister Anders Fogh Rasmussen og udenrigsminister Per Stig Møller i en aktion imod Irakkrigen, hvorefter den unge Enhedslisten-profil som det eneste folketingsmedlem ytrede støtte til aktionen og sagde, at »det kunne lige så godt have været mig«.