Han var i ti år frem til pensioneringen i 1989 ligningschef i Skattedirektoratet. Under Anden Verdenskrig blev Vagn Lystbæk Laustsen arresteret af tyskerne og sad en periode i Frøslevlejren. Efter krigens afslutning læste han til jurist og var også et par år i USA. I 1952 blev han ansat i det statslige skattevæsen, hvor han avancerede til kontorchef inden udnævnelsen til ligningschef. Her var Vagn Lystbæk Laustsens arbejdsområde især selskabsbeskatningen, og han har også være medlem af en række kommissioner og udvalg vedrørende skattespørgsmål.