Da Bjørn Ekmann før tid lod sig pensionere fra sin stilling som lektor i tysk litteratur i 2001, skete det med det erklærede formål at sikre generationsskiftet, således at en yngre kollega kunne ansættes i hans sted. Denne handling var karakteristisk for hans altruistiske sindelag, som også gav sig udslag i hjælp til bosniske asylansøgere og flygtninge fra østbloklandene. For sin indsats modtog han efter systemskiftet en fornem pris fra den polske stat. Bjørn Ekmann blev ansat ved Institut for Germansk Filologi ved Københavns Universitet i 1965. Inden da havde han været videnskabelig assistent ved universitetet i Tübingen og var i nogle år også adjunkt ved Københavns Dag- og Aftenseminarium. Han blev cand.mag. i tysk og fransk i 1961 og havde i studieårene været på studieophold Salzburg, Berlin, Strasbourg, Tübingen og Grenoble. Det internationale udsyn og samarbejde kom til at gennemsyre hele hans professionelle virke. Som tyskfagets udlandskoordinator etablerede og vedligeholdt han med stor energi en lang række samarbejdsaftaler med universiteter i det tysksprogede område og arrangerede ofte studierejser for de studerende, bl.a. til højskolen Sonnenberg i Harzen. Han var aktiv i den internationale arbejdskreds om latterkultur og redigerede i mange år tidsskriftet ’Text & Kontext’ i samarbejde med kolleger. Selv offentliggjorde han løbende videnskabelige værker om områder inden for tysk litteratur fra 19. til 20. århundrede samt litteraturteori. Tidligt udgav han en banebrydende monografi om Bertolt Brecht samt lærebøger i tekstfortolkning og oversættelseshåndværket. I årene omkring den tyske genforening tog han initiativ til at udbygge disciplinen Tysklandskundskab, der var en fornyelse i faget og tiltrak mange studerende. Han varetog desuden Københavns Universitets tyskundervisning af ingeniørstuderende på DTU og var i perioden 1994-96 gæsteprofessor ved universitetet i Bydgoszcz (Polen).