Ole Henrik Nielsen var overlæge på Rigshospitalets børnekirurgiske afdeling fra 1980 til pensioneringen i 2003. De vigtigste forskningsområder har været neonatalkirurgi, børneurologi, børneonkologi og prænatal diagnostik. Han har publiceret i internationale tidsskrifter og har desuden skrevet kapitler i såvel danske som britiske lærebøger. Han har endvidere medvirket i redaktionen af European Journal of Pediatric Surgery og Pediatric Surgery International. Det internationale arbejde har i det hele taget spillet en vigtig rolle i hans arbejdsliv. Han har således været præsident for EUPSA (European Union of Pædiatric Surgical Associations), UEMS’ (Europæiske Speciallægers Forening) børnekirurgiske sektion og Nordisk børnekirurgisk Forening. I UEMS arbejdede han med standardisering og harmonisering af uddannelseskravene i europæisk børnekirurgi og var med til at udvikle den europæiske eksamen i børnekirurgi, som oprettedes i 1999. Ole Henrik Nielsen påtager sig stadig hvervet som eksaminator. Han er æresmedlem af det europæiske, britiske, ungarske, tyrkiske, græske og kroatiske børnekirurgiske selskab. Fritidsinteresserne samler sig om kammermusik (spiller selv klaverstemmen), musik i øvrigt, opera, bridge, tennis og skiløb.