Det følgende år opførte Bach den igen i omarbejdet skikkelse, og det er denne lidet kendte version, man hører, når man lægger Philippe Herreweghes forfriskende nyindspilning i maskinen. Særlig i første del med tilfangetagelsen og Peters fornægtelse er der mange ændringer i melodiske detaljer, både i recitativer, koraler og arier - og i disse også i de obligate instrumenter. De ændrer ikke afgørende musikkens identitet, men tendensen er et enklere, mere ligefremt sprog. Der er også helt nye numre. Åbningskoret vil mange genkende, men ikke fra 'Johannespassionen'. Det er den store koralfantasi 'O Mensch, bewein' dein Sünde gross', som Bach senere placerede som afslutning på 'Matthäuspassionen's første del. En kun lidt mindre monumental koralbearbejdelse erstatter standardversionens simple slutkoral. I scenen med Jesus for ypperstepræsten er indskudt en dramatisk basarie over en vildt forreven cellobas, og hen over den svæver med magisk virkning en koralmelodi i solosopranen. Første dels tenorarie er skiftet ud med en ligeledes yderst dramatisk sats med bratte temposkift, og også i anden del har tenoren fået nyt stof, idet den smukke, men meget lange 'Erwäge' med tilhørende basrecitativ, der sammen næsten sætter dramaet helt i stå, har måttet vige for en stramt travende sats. Alt i alt sigter ændringerne på at skærpe det dramatiske udtryk, men Bach holdt ikke fast ved dem, måske af hensyn til sine arbejdsgiveres modvilje mod teatralsk udtryk i kirkemusikken. Selv hvis man i forvejen har en god 'Johannespassionen' på hylden, er den nye altså værd at gå efter, og med Herreweghe er man ikke snydt. Med en dejlig frostklar klang i en smuk og luftig akustik tegner han korsatserne fascinerende transparent, og det trods en betydelig dramatisk intensitet i energisk fremaddrivende, enkelte steder let forjagede tempi. Det hænger sammen med ensemblets lidenhed og intonationsrenhed, men især nok med en omhyggeligt ciseleret artikulation, der er tæt knyttet til det tyske sprog: Her er ingen konsonantskræk, hverken hos kor eller solister. Langt hen ad vejen er det simpelt hen diktionen, der former musikken, ligesom budskabet former udtrykket. Det gælder naturligvis i særlig grad de ivrigt fortællende recitativer over en ru kontrabas. Med udtalte stemmepersonligheder i solopartierne kommer man på tætteste hold af beretningen, uden at den for den sags skyld sprænger de musikalske rammer, som man undertiden har oplevet det. Det er nøgent teater uden lyrisk distance, men med følelserne i fokus, ikke de fysiske hændelser. Ligesom continuobassen har alle solister et karakteristisk bid, og de suverænt dygtige og autoritative sangere udgør et fint afstemt team.