Som al historieskrivning afspejler også søfartshistorien sin tids fordomme og forestillinger. For 100 år siden var det ofte fortællingen om de raske drenge med vikingeblod i årerne og udlængsel. Søfartshistorien var også en national disciplin med hovedvægten på »dansk« indsats, især under fremmede himmelstrøg. Siden kom indenrigsfarten med, tilgangen blev mere materialistisk med hovedvægt på økonomi, organisation og infrastruktur.

I de seneste år er også dansk søfartshistorie blevet inddraget i en fornyet problematisering af kolonihistorien og europæisk ekspansion. Som så ofte før er nye tilgange til velkendt stof endt i politiske og moralske skududvekslinger, jf. slagsmålet om det projekterede kolonimuseum, der er kommet noget ud af proportioner.